La montaña fue creada por la subducción de la Placa de Nazca debajo de la Placa de América del Sur. El aconcagua, que solía ser un estratovolcán activo (desde el Cretácico Tardío o el Paleoceno Temprano hasta el Mioceno), estaba compuesto por varios complejos volcánicos, en el borde de una cuenca con un mar poco profundo. Sin embargo, en algún momento en el Mioceno, hace unos 8 o 10 millones de años, el ángulo de subducción comenzó a disminuir, lo que provocó una parada de la fusión y más tensiones horizontales entre la placa oceánica y el continente, provocando las fallas de empuje que levantaron el Aconcagua de su Raíz volcánica.
Las rocas que se encuentran en los flancos de Aconcagua son todas volcánicas y consisten en lavas, brechas y piroclastos. La cuenca marina poco profunda ya se había formado antes (Triásico), incluso antes de que el Aconcagua surgiera como un volcán. Sin embargo, el volcanismo ha estado presente en esta región desde que esta cuenca estuvo cerca y los depósitos volcánicos interfieren con los depósitos marinos a lo largo de la secuencia. Los coloridos depósitos verdosos, azulados y grises que se pueden ver en el valle de Horcones y al sur de Puente del Inca, son carbonatos, calizas, turbiditas y evaporaciones que llenaron esta cuenca. Las rocas de color rojo son intrusiones, depósitos de ceniza y conglomerados de origen volcánico.
