La montagne a été créée par la subduction de la plaque de Nazca sous la plaque sud-américaine. L’Aconcagua, qui était un stratovolcan actif (du Crétacé supérieur ou du Paléocène ancien au Miocène), était composé de plusieurs complexes volcaniques, situés au bord d’un bassin à la mer peu profonde. Cependant, au Miocène, il y a environ 8 à 10 millions d’années, l’angle de subduction a commencé à diminuer, ce qui a mis fin à la fusion et à des tensions plus horizontales entre la plaque océanique et le continent, ce qui a provoqué les failles de poussée qui ont soulevé Aconcagua de racine volcanique.
Les roches trouvées sur les flancs de l’Aconcagua sont toutes volcaniques et se composent de laves, de brèches et de pyroclastiques. Le bassin marin peu profond s’était déjà formé auparavant (Trias), avant même qu’Aconcagua ne se présente sous forme de volcan. Cependant, le volcanisme est présent dans cette région depuis aussi longtemps que ce bassin est entouré et les dépôts volcaniques interfèrent avec les dépôts marins tout au long de la séquence. Les dépôts colorés verdâtres, bleuâtres et gris que l’on peut voir dans la vallée de Horcones et au sud de Puente Del Inca sont des carbonates, des calcaires, des turbidites et des vapeurs qui ont rempli ce bassin. Les roches de couleur rouge sont des intrusions, des dépôts de cendres et des conglomérats d’origine volcanique
